بررسی تنوع ساختاری ژنگان سگ و گرگ بومی ایران با روش توالی‌یابی کل ژنوم

در این پژوهش، از سه قلاده سگ و سه قلادة گرگ بومی ایران نمونه­گیری شد. توالی­یابی کل ژنگان (ژنوم) برای هر نمونه سگ و گرگ با استفاده از روش توالی‌یابی نسل جدید انجام شد. داده­ها توسط برنامة BWA با ژنگان مرجع (رفرنس) همردیف شدند. چندریختی‌های تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافه­های کوچک ژنگان با برنامة GATK  شناسایی شد­ند. تغییرپذیری (واریانت)­های ساختاری با برنامة  BreakDancer-1.1تعیین شدند. مستندسازی چندریختی­های تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافه­های کوچک ژنگان با برنامةSnpEff  انجام شد. مقادیر تنوع نوکلئوتیدی در نمونه­های سگ و گرگ با VCFtools  محاسبه شد­ند. در این پژوهش 12459651 چندریختی تک نوکلئوتیدی به دست آمد که 7819789 و 10454994 به ترتیب مربوط به نمونه‌های سگ و گرگ بودند. از شمار کل چندریختی­های تک نوکلئوتیدی 57/53، 989/31 و 811/0 درصد به ترتیب در ناحیة بین ژنی، اینترون و اگزون قرار گرفتند. نتایج تجزیه‌وتحلیل داده‌ها نشان داد که تنوع ساختاری در ژنگان گرگ بیشتر از سگ است.